El 9 de abril de 1889 el gobernador de la provincia de Santa Fe, José Gálvez, decretó la aprobación de los planos catastrales del escribano Lisandro Paganini para trazar la constitución de un pueblo en lo que hoy son los barrios San Miguel y Centro de la ciudad de Granadero Baigorria.

Luego de varios intentos, Paganini lograba que partes de sus campos se pudieran lotear alrededor de la estación del ferrocarril, fundada en 1886, justo en el centro de sus parcelas y tras el lobby creado por uno de sus socios en el mundo inmobiliario, el poderoso Carlos Casado de Alisal, con quien había fundado varias localidades donde Lisandro había sido, en varias ocasiones, el escribano de las mensuras.

Originalmente la localidad se llamó Pueblo Paganini hasta 1950, cuando al conmemorarse el centenario de la muerte de José de San Martín varias ciudades del Cordón Industrial fueron re bautizadas en honor del general y el combate de San Lorenzo. Fue así que Puerto Borghi fue nombrada como Fray Luis Beltrán, Juan Ortiz como Capitán Bermúdez y Paganini como Granadero Baigorria.

El 1º de enero de 1976, luego que la legislatura santafesina lo votara en ambas Cámaras, Granadero Baigorria pasaba de su estatus de comuna a municipio, pues el censo de 1971 daba la cifra de 10 mil habitantes. El gobernador Silvestre Begnis promulgó la Ley y se decretó que Juan Clodomiro Acosta, que era el presidente comunal, pasara hacer intendente de la ciudad y se convocaba la formación del primer concejo para las elecciones de ese año. El golpe de Estado del 24 de marzo, limitó la constitución del cuerpo deliberante, hasta el regreso de la democracia de 1983.